Od roku 1954 vyučoval východní a patristickou teologii jednak na Papežském orientálním ústavu, na Papežské gregoriánské univerzitě a v karmelitánském ústavu Terezianum v Římě. Jako docent hostoval na jiných světových univerzitách, mezi nimi např. v Knišáse v Africe a v St. Paul v USA. Napsal v tomto oboru mnoho knih a článků ve světových jazycích.
Od roku 1991 žije a pracuje v římském Centru Aletti.
V březnu roku 1995 dával Tomáš Špidlík duchovní cvičení papeži Janu Pavlu II. a vatikánské kurii.
V roce 1996 byl Ateliér duchovního umění Centra Aletti pověřen obnovou vatikánské kaple "Redemptoris Mater". Kardinál Špidlík a P. Marco Rupnik odpovídali za teologickou a uměleckou projekci při realizaci zmíněné kaple.
V roce 2002 udělila Česká biskupská konference Tomáši Špidlíkovi Řád sv. Cyrila a Metoděje za jeho celoživotní dílo.
V říjnu 2003, kdy Svatý otec Jan Pavel II. při slavnostní konzistoři jmenoval 31 nových kardinálů, byli mezi nimi za zcela mimořádné zásluhy ve službách církve poctěni kardinálskou hodností také 4 kněží. Jedním z nich byl P. Tomáš Špidlík SJ.
V listopadu 2003 převzal Tomáš Špidlík "Zlatou medaili za zásluhy o kulturu a umění" z rukou italského ministra kultury Giuliana Urbaniho. Itálie tak ocenila přínos našeho předního teologa, znalce východní spirituality a spisovatele.
Čestné doktoráty: Pravoslavná teologická fakulta Univerzity v Cluj, Rumunsko, doktorát na univerzitě v Olomouci a v Praze.