Dohoda o vzniku duchovní služby v rezortu obrany byla mezi představiteli Ministerstva obrany (MO) ČR a zástupci církví podepsána 3.6.1998 v Praze. Od tohoto data vysílají církve účastnící se dohody své kaplany do AČR jako společné zástupce. V AČR působí v současné době 18 kaplanů ze čtyř církví - Církve římskokatolické, Českobratrské církve evangelické, Československé církve husitské a Církve adventistů sedmého dne.
Kaplani mají v AČR své nezastupitelné místo. Jejich služba se nevztahuje pouze na věřící příslušníky armády, ale vzájemně se doplňuje se službou psychologickou. Kaplani nechybějí v žádné zahraniční misi. Působili v několika zahraničních misích v Bosně, Kosovu, Afghánistánu, Kuvajtu a Iráku. V současnosti jsou v misích čtyři kaplani a další se připravují.
Ekumenické bohoslužby v kostele sv. Jana Nepomuckého v Praze na Hradčanech se zúčastní představitelé Ministerstva obrany České republiky, Generálního štábu AČR, další zástupci AČR a představitelé křesťanských církví.
